기타 자료

• demonstrate a "typical" QIIME2 analysis of 16S rRNA amplicon data, using a set of fecal samples forn humanized mice

• PD(Parkinson's Disease)가 microbiome과 관계가 있다는 최초 연구 후 추가 연구 과정

• 7주간 쥐에게 추적 연구

  • 파킨슨 병을 가진 6명의 기증자

• 살펴볼 데이터 - 2명의 인간 기증자 (PD환자 & non 환자)

• 시퀀스가 샘플 당 약 5000개의 시퀀스로 하위 샘플링된 걸 사용함

Hypothesis

• 생쥐의 유전적 배경이 미생물 집단에 영향을 미친다는 가설 탐구

Importing data into QIIME 2

• QIIME 2에서 모든 데이터는 artifact of a specific semantic type으로 구조화됨

  • 이 안에는 원본 데이터의 record와 데이터를 처리하는 데 사용한 도구를 포함되어 있음

• 사용할 샘플

  • EMP 515f-806r 프라이머를 사용하여 증폭 & 2*150bp 키트가 있는 IIumina MiSeq에서 시퀀싱

  • hypervariable region covered by the primer we used의 길이는 290bp 이므로 우리 시퀀스 150bp로 downstream에서 paired-end 분석을 하기에 짧음

    —> so, 우리는 single-end sequence로 작업할 것

  • Sequence Center에서 demultiplexed된 샘플을 사용할 예정

• SampleData[SequecesWithQuality] - manifest.tsv

  • 48 obs 2 var
    • var : sample.id & absolute.filepath

Question

1. After demultiplexing, which sample has the lowest sequencing depth(균수)? =recip.460.WT.HC3.D14
2. What is the median sequence length(sequence의 길이)? = 150