목적

• Bam 파일을 Rsamtools 혹은 pysam으로 열려면 index 파일(.bai)이 해당 위치에 함께 있어야 함
• index 파일(.bai)을 만들기 위해서는 먼저 sort를 진행해야 함 (sort된 bam에서 index가 만들어짐)

Sort

samtools sort input.bam -o input_sorted.bam 

Index

samtools index input.bam 

• input 파일만 넣으면 동명의 .bam.bai 파일이 생성됨

출처

https://hhj6212.github.io/biology/tech/2020/10/18/samtools.html