염기서열의 방향은 위의 그림처럼 오탄당의 탄소 원자 위치에 따라 번호를 부여함으로써 나타낼 수 있다. RNA와 DNA는 구체적으로 3번 탄소 $3^$와 5번 탄소 $5^$가 인산에스터 결합(Phosphodiester bond)을 형성함으로써 사슬 구조를 이룬다.
$와 5번 탄소 $5^
염기서열에서 $5^$를 상류(Upstream), $3^$를 하류(Downstream)라 한다.
$를 상류(Upstream), $3^
